L’histoire mentionne pour la première fois Perroy le 14 avril 910, date à laquelle Rodolphe, roi de Bourgogne, confirme à son neveu la possession du domaine de Pirrhois.

Dès le milieu du Xe siècle, des moines dépendants de l’Abbaye Saint-Philibert de Tournus, près de Chalon, s’installèrent à Perroy. Ils y défrichent les coteaux, y plantent de la vigne et y construisent, dès le début du XIIe siècle, le Prieuré. Ce couvent est sécularisé à la réforme et ses biens sont vendus en 1548 à Claude et Louis de Senarclens pour le prix de 2500 florins.

Le Prieuré parvint ensuite, par mariage, à la famille Chandieu qui le conserva jusqu’à la Révolution. En 1812, il est vendu à un certain Benjamin Bégoz, jusqu’à ce que la famille Bégue qui l’a reçu en héritage le vende à la commune le 11 avril 1914. Le Prieuré, avec son église, sa terrasse et son domaine attenant, reste le fleuron d’un village qui a conservé un caractère essentiellement viticole puisque sur les 296 hectares de la commune, 129 sont plantées en vigne.