L'histoire mentionne pour  la première fois Perroy le 14 avril 910, date à laquelle Rodolphe, roi de Bourgogne, confirme à son neveu la possession du domaine de Pirrhois.

Dès le milieu du X^e siècle, des moines dépendants de l'Abbaye Saint-Philibert de Tournus, près de Chalon, s'installèrent à Perroy. Ils y défrichent les coteaux, y plantent de la vigne et y construisent, dès le début du XII^e siècle, le  Prieuré. Ce couvent est sécularisé à la réforme et ses biens sont vendus en 1548 à Claude et Louis de Senarclens pour le prix de 2500 florins. Le Prieuré parvint ensuite, par mariage, à la famille Chandieu qui le conserva jusqu'à la Révolution.

En 1812, il est vendu à un certain Benjamin Bégoz, jusqu'à ce que la famille Bégue qui l'a reçu en héritage le vende à la commune le 11 avril 1914. Avec cet achat, la commune est devenue propriétaire de 3,5 ha de vignes, d'une cave, d'un pressoir et d'un appartement pour le vigneron.